他で記載が見つからなかったので。
db.phpで、次のようにMySQLのcollateをcollationで指定できる。

return array(
    'default' => array(
        'connection'  => array(
            'dsn'        => 'mysql:host=localhost;dbname=blog',
            'username'   => 'fuel',
            'password'   => 'fuel',
        ),
        'charset' => 'utf8mb4',
        'collation' => 'utf8mb4_unicode_ci',
        'profiling' => true
    ),
);

これで、migrationでのテーブル作成で、collate=utf8mb4_unicode_ciが付くようになります。